霉菌性食管炎主要是由白色念珠菌感染所致。念珠菌广泛存在于自然界中，正常人皮肤、口腔、肛门、阴道中都可分离出该菌，但以消化道带菌率最高，约占50%。但一般情况下不会导致食管炎，当机体状况发生一定变化，如长期大量使用广谱抗生素；长期接受激素或抗肿瘤药物治疗；慢性病及营养不良致机体抵抗力低下等情况下，宿主和微生物之间的动态平衡发生紊乱，机体免疫功能受损均易发生霉菌性食管炎。